Kriegen vertriebene Kurfürst und Kölner Erzbischof Erzherzog Maximilian Franz von Österreich, 1814 im Schloss die vom gleichen Schicksal betroffene Königin von Neapel-Sizilien, Maria Karolina von Österreich. 1805 und 1809 waren französische Besatzungstruppen einquartiert. Unter Kaiser Franz I. von Österreich fanden im Schlosspark glanzvolle Sommerfeste statt.

Nach dem Tod von Kaiser Franz 1835 diente das Schloss vorwiegend als kaiserliches Gästehaus. 1839–1841 wurde 400 m östlich des Schlosses die hier auf einem hohen Damm verlaufende Südbahn gebaut. Im Oktober des Revolutionsjahres 1848 war das Schloss Hauptquartier von Feldmarschall Alfred Fürst Windischgraetz bei der Rückeroberung Wiens durch die Kaiserlichen.

Prominente Logiergäste waren später der ungarische Ministerpräsident Graf Gyula Andrássy, das deutsche Kronprinzenpaar Friedrich Wilhelm und Victoria (1873) und Nāser ad-Din Schāh, Schah von Persien während seines Besuchs bei der Wiener Weltausstellung 1873. Am 6. Juni 1867 ist hier die 18-jährige Erzherzogin Mathilde, jüngste Tochter des Erzherzogs Albrecht von Österreich-Teschen, nach einem schweren Brandunfall gestorben.

Seit 1907 verkehrt die Straßenbahn durch die Hetzendorfer Straße. 1912–1914 wohnte mit Zustimmung von Kaiser Franz Joseph I. Erzherzog Karl, ab 1916 Österreichs letzter Monarch, mit seiner Familie in Schloss Hetzendorf.

Das Schloss wurde in der österreichisch-ungarischen Monarchie von der k.u.k. Schlosshauptmannschaft zu Schönbrunn und Hetzendorf und der k.u.k. Hofgartenverwaltung zu Schönbrunn und Hetzendorf verwaltet. Es zählte zum Hofärar. Anfang November 1918 übernahm der neue Staat Deutschösterreich faktisch die Aufsicht über diese beiden Dienststellen, 1919 wurde das Hofärar im ganzen Land auf Grund des Habsburgergesetzes formal von der Republik übernommen; die beiden verwaltenden Institutionen wurden 1920 Bundesdienststellen.

Von 1923 bis zu seinem Tod 1934 lebte hier der Bildhauer Anton Hanak, ein anderer Mieter der Zwischenkriegszeit war der Geigenvirtuose Bronisław Huberman.

Trotz eines Bombentreffers am Ende des Zweiten Weltkrieges – er betraf den linken Flügel des Ehrenhofs – blieb ein Großteil des kostbaren barocken Interieurs erhalten. Es war rechtzeitig in Salzbergwerke ausgelagert worden. 1946 pachtete die Stadt Wien das Schloss vom Bund für ihre Modeschule und kaufte es 1987 an.

Im Jahr 2025 wird das historische Schloss Hetzendorf zum lebendigen Schauplatz von Österreichs energiegeladenstem Yoga-Festival! Dieses ikonische Barockschloss wird das Yoga Junkies Festival beherbergen und eine Gemeinschaft von Wellness-Enthusiasten zu einem unvergesslichen Wochenende mit dynamischen Yoga-Sessions, inspirierenden Workshops und einer Feier von Bewegung, Musik und Achtsamkeit zusammenbringen.